Přírodní rezervace Apolena byla vyhlášena dne 21. března 1998 k ochraně stejnojmenného skalního města. Bohužel i přes to skalní město Apolena bylo a je nejvíce poškozovaným územím v Českém ráji. Docházelo zejména k poškozování skal vyrýváním nápisů, pálení ohňů pod převisy s následnou destrukcí skály, poškozování dochovaných archeologických situací přesunem zeminy, erozním jevům působeným pohybem veřejnosti, sběru dřevní hmoty, poškozování lesa a rušení netopýrů při vstupu do jeskyně Sklepy.
V roce 2008 byl projednán a schválen plán péče o toto maloplošné zvláště chráněné území, kde se konstatoval neudržitelný stav území a vytyčil se cíl další poškozování zastavit.
Správa CHKO Český ráj využila k řešení poškozování dochovavaného přírodního prostředí kontrolní činnost stráže přírody. Přestupky proti zákonu o ochraně přírody a krajiny v přírodní rezervaci se zvýšenou kontrolou území neklesaly. Jeskyně sklepy, která je zároveň evropsky významnou lokalitou pro netopýra vrápence malého, byla Správou CHKO Český ráj zabezpečena mříží. Tato mříž byla opakovaně poškozena a došlo k rušení netopýrů.
Správa CHKO Český ráj jako orgán ochrany přírody musí činit tak, aby poškozování unikátních fenoménů přírodní rezervace Apolena ustalo.
Protože při vstupování veřejnosti v předmětné lokalitě docházelo k poškození předmětů ochrany, byl vstup veřejnosti v I. zóně CHKO Český ráj podle § 64 zákona 114/1992 Sb. v platném znění zakázán. Území se tak zařadilo k dalším dvěma lokalitám, které jsou v Českém ráji pro veřejnost uzavřeny.
Nařízení o zákazu vstupu nabude platnosti k 10. květnu 2010. Za porušení zákazu může být v souladu s ustanovením § 87 odst. 1 písm h) zákona uložena pokuta až do výše 10 000,- Kč.
O Apoleně
Skalní město na jihovýchodním úpatí Trosek nese dívčí jméno Apolena. Kdysi dávno se dívka jménem Apolena zamilovala do chudého chlapce. Dívčin otec však způsobil, že Apolenin milý byl odveden na sedm let na vojnu, kde padl. Apolena na něj marně čekala. Když jí oznámili zprávu o jeho smrti, Apolena opustila dům svých rodičů a odešla neznámo kam. Novým domovem se jí staly skály a lesy pod Troskami. V těchto skalách ji nakonec našla její matka - pološílenou a na kost promrzlou. Dívka se s ní odmítla vrátit domů a zemřela zde posléze v matčině náručí. Podle legendy je pochována na hřbitově v Újezdu pod Troskami.
Skalní město Apolena vzniklo erozními procesy po rozpukání pískovcové tabule. Při tom se uplatnila jednak erupce blízké sopky Trosky před 17 miliony lety, ale také odsedání jednotlivých skalních bloků na úbočí Libuňské brázdy. Pískovec je zde zpevněn kaolinickým tmelem a z tohoto důvodu je velmi měkký. Dokladem jsou hojné hnízdní nory samotářských vos. Na řadě míst lze vidět výrazný rozdíl mezi relativně zpevněnou skalní kůrou, která měří na průřezu jen několik milimetrů, a nezpevněným vnitřkem skály. Unikátem oblasti je jedna z největších skalních bran Českého ráje. Dnes bohužel poničená trampy a vyrytými nápisy.
Součástí rezervace je i jeskyně Sklepy pod Troskami. Jedná se o puklinovo rozsedlinovou jeskyni. Vstupní chodba sleduje směr tektonické pukliny - tj. směr Trosky, dvě vedlejší chodby se na hlavní chodbou napojují zhruba pod pravým úhlem – tedy ve směru odsedání.
Pozoruhodnou geologickou událostí byl rozpad mohutného skalního bloku jménem Harém, ke kterému zde došlo začátkem června 2003. Nejvíce pravděpodobným důvodem puknutí bylo snížení soudržnosti způsobené extrémními klimatickými podmínkami roku 2003. Po tomto skalním bloku zbylo jen obrovské pískoviště čistě bílého písku.
Aleš Hoření